Molti centri della Puglia, sorgono in prossimità di depositi sabbiosi di età quaternaria, spesso con inclusioni argillose o limo argillose, che sono sede di falde idriche superficiali.
Acquaviva delle Fonti sorge su una su una falda idrica superficiale che, partendo dal centro storico, si estende per tutto il territorio a Sud-Ovest della città, fino ai piedi della collina di Salentino.
I tipi litologici che formano l’acquifero, e che vengono riconosciuti in occasione di scavi per la costruzione di edifici sono riconducibili a depositi di età quaternaria poggianti su calcari molto carsificati di età cretacea: sabbie tufacee fossilifere poco cementate, limi argillosi ed argille, torba, terre rosse.
In particolare, le terre rosse e le argille si trovano alla base del deposito sabbioso e l’argilla, poiché è impermeabile, impedisce alle acque di infiltrarsi nelle fratture delle rocce calcaree e di disperdersi nel sottosuolo. La presenza di torbe dimostra inoltre come in passato la zona occupata attualmente dall’acquifero fosse paludosa, con la presenza di vegetazione acquatica tipica delle paludi.

Oltre alla falda idrica superficiale, il territorio è interessato da una falda profonda.
Come riportato nel testo “Pura Defluit” particolare situazione geologica della Puglia non è favorevole all’instaurarsi di una idrografia superficiale: eccetto l’Ofanto non ci sono altri fiumi ed il territorio è costituito da calcari fratturati e molto carsificati per questo l’acqua delle piogge penetra nel sottosuolo e, seguendo vie sotterranee, raggiunge il livello di base che è il livello del mare. Ma anche l’acqua del mare si infiltra nelle fratture delle rocce calcaree e, poiché l’acqua dolce delle piogge ha una densità minore dell’acqua salata marina, galleggia sull’acqua salata formando una falda di fondo o falda profonda sebbene il limite tra l’acqua salata e quella dolce non si netto ma sia costituito da acqua salmastra.
Fra gli anni ’60 e ’70 del secolo scorso, la falda di fondo è stata sfruttata in maniera abbastanza incontrollata perché anche i privati potevano scavare un pozzo profondo da utilizzare per l’irrigazione dei campi. I prelievi incontrollati della falda di fondo hanno così prodotto degli scompensi specialmente nelle zone più vicine al mare dove lo spessore di acqua dolce è minore: l’eccessiva estrazione dell’acqua di falda ha prodotto la risalita di acqua salmastra e di conseguenza la salinizzazione del suolo.