Il territorio di Acquaviva delle Fonti è abitato sin dai tempi più remoti: vi sono infatti stati individuati antichi insediamenti peuceti (almeno IV sec. a.C.).
L’evoluzione storico-antropologica del territorio non può prescindere dal sistema delle “lame”, cui sono strettamente connesse le prime tracce di popolamento del territorio (si ricordano il contesto del Paleolitico superiore della Grotta di Corto Martino, nonché le stazioni dell’età del Bronzo a Monticelli, Lago dell’Arciprete e Parco Procino). All’acqua e al suo sfruttamento sono riconducibili gli insediamenti peucezi delle località Salentino, Ventauro e Conetto, che gravitavano nel comprensorio dell’insediamento di Monte Sannace (Gioia del Colle). Per la sua posizione strategica, il territorio di Acquaviva è molto probabilmente interessato dall’attraversamento dell’antico percorso dall’Adriatico (Bari) verso l’area jonica (Taranto), poi ‘via per compendium a Varis Tarentum‘. Importante la presenza segnalata di insediamenti produttivi di Età Romana (località Baronaggio, Il Monte e Masseria Capitolo).
Il toponimo “Aquevive” compare nelle fonti scritte medievali fra XI e XII sec. quando la città è feudo del conte normanno Cornulo. Nei secoli finali del medioevo le vicissitudini della città seguono le sorti di gran parte della regione: ai feudatari normanni succede la dinastia sveva, quindi gli angioini e poi le rivolte baronali e le guerre dinastiche che conducono all’avvento degli aragonesi.
Al XVI secolo, epoca in cui Acquaviva è signoria dei duchi d’Atri “Acquaviva d’Aragona“, si fanno risalire la costruzione della Cattedrale, la risistemazione del castello in Palazzo Signorile, l’edificazione del “Sedile” (attuale Torre dell’Orologio), la realizzazione della grande Piazza (oggi Piazza dei Martiri del 1799), l’ampliamento o l’avvio della costruzione di importanti complessi monastici come S. Benedetto, S. Francesco, S. Maria Maggiore. Nel 1614 il marchesato di Acquaviva, all’epoca sotto la signoria di Alberto Acquaviva d’Aragona, per insolvenza dei debiti dello stesso, viene messo in vendita. Mezzo secolo di alterne vicende portarono il feudo, nel 1664, nelle mani di una ricca famiglia di banchieri genovesi, i De Mari. Carlo I e i suoi eredi furono signori di Acquaviva per un secolo e mezzo, ad essi si deve la trasformazione strutturale del castello in un vero e proprio Palazzo Principesco dalle forti ascendenze barocche. Alla fine del ‘700 la città di Acquaviva, è tra le prime del regno ad accogliere gli ordinamenti repubblicani e le nuove idee rivoluzionarie. sino all’abolizione della feudalità del 1806.
Con l’Unità d’Italia al toponimo Acquaviva si è poi reso necessario aggiungere “delle Fonti” per evitare confusione con altre cittadine omonime.

L’economia di Acquaviva, inizialmente basata su un uso agricolo-pastorale del territorio, fondata sulla villa (fattoria romana) prima ed evolutasi in epoca medioevale nella masseria, si protrae ininterrottamente fino agli inizi del XX secolo. Il sistema dei tratturi ufficiali, e dei tratturelli locali, ne costituisce l’infrastruttura di collegamento, le masserie, le poste, gli jazzi, le piscine, ecc. quella dei servizi. Fondamentali, per l’economia e per l’evoluzione del paesaggio, le quotizzazioni di vaste aree nella parte meridionale del territorio appartenenti un tempo alla chiesa o al demanio, realizzate fra la fine dell’Ottocento e l’inizio del Novecento (Difesa della Terra, Cortomartino, Monticelli, Marchesana).
Il Novecento fu inaugurato da un avvenimento che incise sulla futura vita economica e sociale: il 26 aprile del 1909 iniziarono i lavori di costruzione dell’Edificio Monumentale dell’Opera Pia Spedale Miulli – costituita nei secoli precedenti come istituzione ecclesiastica e dotata economicamente nel Settecento dal lascito testamentario dell’avvocato Francesco Miulli – e terminarono il 1915. Nei decenni successivi alla seconda guerra mondiale l’ospedale, ingrandito e ammodernato, ha soddisfatto un’utenza sempre più pluriregionale e ha assorbito la grande maggioranza dell’occupazione della città, diventandone la principale risorsa, seguita dall’industria e dall’agricoltura.
Gli strumenti di pianificazione sovraordinati suddividono il territorio di Acquaviva delle Fonti ambiti territoriali estesi, a livello paesaggistico, sottoposti a vincolo e tutelati.

I vincoli territoriali che gravano sul territorio di Acquaviva delle Fonti sono13:

• vincolo idrogeologico (RD n. 3267/1923) su porzione del territorio;
• vincoli grotte (L.R. n. 32/1986);
• vincolo paesaggistico (L.R. n. 30/1190) sulle lame;
• vincolo boschivo (R.D. n. 3267/1923 e L.R. n. 9/1992 e L.R. n. 39/90) su parti del territorio;
• vincolo faunistico (L.R. n. 124/1994 su zona a ripopolamento e cattura;
• vincolo monumentale (L. 1089/1939) su beni archeologici e architettonici;
• vincolo faunistico su “zona di ripopolamento e cattura” Mazzacavallo e Cariello nuovo;
• siti di interesse comunitario (SIC) “Murgia Alta” e “Bosco di Mesola”;
• zone a protezione speciale (ZPS) “Murgia alta”.

L’incidenza delle diverse aree vincolate sul territorio di Acquaviva è pari al 20% della superficie territoriale complessiva.

Le principali componenti architettoniche di pregio sono la Torre dell’Orologio e la Masseria Posta di San Cassano, entrambe sottoposte a vincoli di tutela storico-artistica, inoltre sono segnalati la chiesa Matrice, la chiesa di San Giuseppe, il Municipio, la Piazza Umberto I, i quartieri originari realizzati tra il 1841 e il 1861, i resti del Foro Comunale, la Villa Pasculli, l’Antica Distilleria e la scuola elementare De Amicis.
Sono parte integrante del territorio comunale l’area SIC “Murgia Alta” (contrada Parchi della Corte, isola comunale fra i territori di Gioia del Colle-Santeramo) e l’area SIC “Bosco di Mesola” (contrade Collone, Cortomartino, Primocielo, fra i comuni di Acquaviva delle Fonti, Santeramo in Colle e Cassano delle Murge).
Il SIC “Bosco di Mesola” ha un’estensione di 3028 ettari e si trova al confine tra i comuni di Acquaviva delle Fonti, Cassano delle Murge e Santeramo in Colle. L’area, carsica e archeologica, è caratterizzata dalla presenza di molte specie di rapaci, notturni e diurni, tra cui il celebre falco grillaio, di numerose varietà di orchidee anche rarissime e di alcune querce protette come la roverella e il fragno.
Simili sono la flora e la fauna del Sic “Murgia Alta“, che ospita il “Parco della Corte” e il “Bosco della Vallata“, dove fu ucciso nel gennaio del 1863 il brigante “Sergente Romano”, per il quale è stato eretto un cippo commemorativo. Anche nel Sic “Bosco di Mesola” insiste, in territorio di Cassano delle Murge, a poco più di un chilometro da Acquaviva, il “Parco dei Briganti”, richiamo alla frequentazione di quei luoghi da parte del brigante cassanese Vito Servodio – dove, in perfetta armonia con le norme del P.d.G. del SIC – sono stati realizzati percorsi per attività fisiche e terapeutiche (percorsi sospesi sugli alberi, gite in mountain bike, soft air, percorsi a cavallo, percorso hebert, percorso a piedi nudi, trekking, nordic walking, orienteering) immersi in un salutare contesto naturalistico.
Le principali aree produttive sono localizzate nelle aree più esterne del territorio comunale.